Giuseppe Caputo è professore associato presso l’Università degli studi di Firenze, Dipartimento di scienze giuridiche dove insegna Sociologia del diritto, Filosofia del diritto, Didattica del diritto ed è coordinatore della Clinica legale per protezione dei diritti delle persone in esecuzione penale. Dal 2016 è membro del Centro Interuniversitario di Ricerca L'altro diritto.

Ha preso parte a numerosi progetti di ricerca nazionali ed internazionali. Nel biennio 2022-23 ha coordinato il progetto finanziato dall’UE “Between Inclusion and Re-inclusion: How to Deal with Roma Offenders (ROMA OFF-IN)”. Dal 2023 è coordinatore dell’unità di ricerca del progetto PRIN “Controlling or Caring? Teorie e pratiche della (neo)istituzionalizzazione”, finanziato dal Ministero dell'Università e della ricerca.

Nel 2015 è stato nominato dal Ministero della Giustizia italiano membro degli "Stati generali dell'esecuzione penale" e ha contribuito all'elaborazione di una proposta di riforma del diritto del lavoro penitenziario adottata nel 2018. Da settembre 2024 è membro permanente del “Segretariato sociale per l’inclusione sociale, economica e lavorativa dei detenuti” del Consiglio Nazionale dell’economia e del lavoro (CNEL).